第一代臺南地方法院
日治初期在清代臺廈道道署衙門（今永福國小內）設立臺南廳廳舍，法院也於此辦公。明治30年（1897） 4月，日人將安平縣縣學（原臺灣縣縣學，1887年改制）與萬壽宮建物合併，加以修繕、增建，作為法院廳舍使用，是為第一代臺南地方法院。
清．蔣允焄《東瀛紀典》萬壽宮圖
後因廳舍朽壞、空間不敷使用等原因，擇定明鄭時期之馬兵營一帶興建法院新廳舍。馬兵營所在地，在清朝時期逐漸轉型為住宅區，後為連雅堂家族所居，再為日本人徵收為法院用地。連雅堂在〈臺南古蹟志〉中就曾提到馬兵營
「在寧南坊，為鄭氏駐師之地，古木寒泉，境殊岑寂……自我始祖卜居於此，迨余已七世矣……改隸後，余家被毀」。
明治44年（1911）動土，1912年開始建造地上部分（故多稱地方法院為1912年興建），由建築師森山松之助負責規劃設計。大正3年（1914）落成，是為第二代臺南地方法院。
戰後，臺南地方法院曾數度修繕。民國59年（1970年），西側高塔牆壁發生龜裂，而且地基亦有下沉之現象，經認定高塔有隨時倒塌之慮，且因當時未有古蹟修繕之觀念及經驗，乃由司法行政部撥付專款加以拆除，形成今日只剩東側圓頂，不見西側高塔之外貌。
自1985年（民國74年）起，臺南地方法院函請內政部將建築列為古蹟，但此事卻懸而未定。1987年（民國76年），因原本前棟建築漏水問題並未改善，加上適逢亞力士颱風過境，室內收發室（現今特展一空間）混凝土變質掉落一大塊，高等法院下令緊急修復，以防發生危險，並催促內政部盡速解決是否列級古蹟問題。1989年（民國78年）因未被列級古蹟，高等法院函請內政部同意將臺南地方法院拆除重建。
1990年（民國79年），內政部同意將臺南地方法院拆除重建，並舉辦公開競圖，此一消息傳開後，全國建築界及文化界大感震驚，開始一連串搶救行動。1991年（民國80年），內政部公告指定臺南地方法院為二級古蹟，成為國內第一批被正式列級的日治時期建築之一，後來亦升格為國定古蹟。民國 90年（2001年）臺南地方法院搬至五期重劃區新址。
